Para Azorín esta novela resume mejor que ninguna el espíritu de Baroja. Y efectivamente: sus principios filosóficos y sociales, la reacción frente a la miseria y el dolor, y los elementos autobiográficos hacen de esta obra muestra privilegiada del mundo del autor. Médico, como Baroja, el protagonista de El árbol de la ciencia asiste impotente a los desafueros de una socidad mezquina y envilecida. Entre el determinismo fisiológico y la rebelión moral hay la búsqueda de una camino propio.
Se considera que “El árbol de la ciencia” es una de las obras capitales de Baroja. La escribió en época de plenitud completa y apareció en la biblioteca "Renacimiento", en 1911. La vida de Andrés Hurtado, como estudiante de Medicina en el Madrid de finales del siglo XIX, es, en gran parte, la vida del novelista, que, en general, no conservaba muy buenos recuerdos de sus profesores.
Los retratos que aparecen al principio de algunos de ellos, pueden compararse con los que, mucho después, trazó en sus memorias. Las zozobras y dudas del protagonista, los contrastes entre las realidades y las pretensiones de las gentes de la época dan a la novela un tono intelectual amargo. Andrés Hurtado, como el Baroja joven, tiende a una especie de nihilismo metafísico. Por otra parte, en la novela se reflejan aspectos más íntimos de la vida del novelista. Las discusiones con el padre, la preocupación por el hermano, los cambios de morada, etc., pueden compararse con las discusiones de los Baroja jóvenes, con el Baroja viejo (aunque éste fuera hombre mucho más abierto que el padre de Hurtado); la muerte del hermano mayor, Darío, se transforma aquí en la preocupación por Luisito, el niño enfermo...
La experiencia médica relatada en la quinta parte, trasladada a otro ámbito, es, en parte, también la de Baroja en Cestona. Pero al lado del elemento autobiográfico cognoscible y del intelectual se utilizan en la novela otros ingredientes: acaso, también, contiene parte de una autobiografía, oculta siempre, del escritor. En efecto, todo lo que “El árbol de la ciencia” tiene de novela erótica, en el más puro sentido de la palabra, es decir, de novela en que se trata del Amor, puede considerarse como fruto de una experiencia vital, más o menos reajustada de modo novelesco. Desde que apareció a hoy día, “El árbol de la ciencia” ha tenido lectores fieles. Ha sido también objeto de varios estudios y ensayos y traducida a distintos idiomas (francés, inglés, ruso, alemán, italiano, etc.); pero, en esencia, es la novela de la juventud de una época de España y como tal es difícil de entender fuera. Dentro puede producir grandes repulsas en gentes de mentalidad ortodoxa (sea la que sea su ortodoxia): pero puede preverse que muchos jóvenes seguirán, durante generaciones, teniendo una posición ante la vida que recuerde a la que tuvo el héroe barojiano.
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